O acervo de Arqueologia do Museu de História Natural é composto por vestígios pré-históricos e históricos encontrados em Alagoas.
Entre os artefatos que o compõem, estão materiais líticos (lascados e polidos), cerâmicos (cerâmicas indígenas, louças, faianças, etc.), metálicos (pregos, adagas, balas de canhão) e vidros.
Podem ser encontrados, ainda, ossos humanos, restos vegetais e faunísticos que, assim como os outros, testemunham a existência e os hábitos dos povos antigos.
O Núcleo de Ensino e Pesquisa Arqueológico (NEPA) é um grupo de pesquisa do CNPq que tem como objetivos a orientação de alunos e a realização de pesquisas arqueológicas em Alagoas. O NEPA foi fundado em 2003, no campus da UFAL, e agora faz parte do setor de Arqueologia do museu.
Com milhares de materiais arqueológicos (inteiros ou fragmentos), provenientes de diferentes sítios distribuídos no território alagoano, o setor tem como objetivo salvaguardar, desenvolver pesquisas e promover a divulgação dos resultados desses estudos por meio de exposições, publicações e ações educativas.
