O setor de Herpetologia do Museu de História Natural contempla uma coleção de anfíbios e répteis considerada referência na região. Ela surgiu como iniciativa da professora Eliza Freire, junto ao início do museu, e contava com apenas 66 exemplares, sendo 4 espécies de anfíbios e 14 de répteis.
Atualmente, esse número saltou para mais de 15 mil espécimes. O crescimento deve-se à contribuição de pesquisadores, profissionais da área e estudantes. Cerca de 90% das 200 espécies registradas em Alagoas estão representadas na coleção, incluindo as endêmicas.
O acervo abarca 1500 exemplares de 43 espécies provenientes de outros estados, abrangendo praticamente todo o Nordeste e ao menos um estado de cada uma das outras regiões do país.
O setor possui também uma coleção de girinos, iniciada por alunos orientados pelo professor Gabriel Skuk. Ela surgiu no ano de 2002 e conta com cerca de 500 lotes, incluindo representantes de quase todas as espécies de anuros do Nordeste, acima do rio São Francisco, e de países como Argentina, Uruguai e Equador.
Além disso, em 2011, foi organizada, de maneira sistemática, a coleção de tecidos, que conta com cerca de 2000 tecidos tombados. Ela foi constituída com a ajuda e liderança da professora Tamí Mott.
Existe, ainda, uma pequena coleção de tipos, que contempla 3 holótipos, incluindo cecílias e anfísbenas, e 9 parátipos, que abrange anuros, serpentes e lagartos.
