Criada no ano de 2012, a coleção de mamíferos do Museu de História Natural é uma das mais recentes do Nordeste e a única de referência em Alagoas.
Seu acervo científico conta com mais de 560 exemplares tombados não só do estado alagoano, como também da Bahia, Pernambuco e Sergipe. A coleção é reconhecida pela Sociedade Brasileira de Mastozoologia (SBMz) e pela Sociedade Brasileira para o Estudo de Quirópteros (SBEQ).
O acervo possui representantes de 10 ordens e mais de 80 espécies de mamíferos, incluindo as quase ameaçadas, como a lontra (Lontra longicaudis), e também espécies ameaçadas de extinção, como é o caso do gato-do-mato-pequeno (Leopardus tigrinus) e do mocó (Kerodon rupestris), roedor endêmico da Caatinga.
Os espécimes são preservados em via úmida (soluções de álcool 70% ou glicerina) e seca (através da taxidermia ou preparação osteológica). Exemplares taxidermizados são armazenados com peles abertas ou fechadas, além dos crânios. As coleções de via úmida e seca são organizadas em salas separadas, protegidas da luz e da poeira.
As coletas realizadas pelo próprio setor têm aumentado o acervo de forma significativa. Parcerias estabelecidas com pesquisadores, ONGs, empresas de consultoria e com o próprio IBAMA (CETAS/Maceió) também contribuem para o crescimento da coleção.
